Initiatorin der Scheidung des Starpaares war die stets unterwürfige und ruhige Katie Holmes. Nach fünf Jahren Ehe reichte die Schauspielerin ohne Wissen ihres Mannes einen Antrag bei einem der New Yorker Gerichte ein. Der offizielle Grund sind "unüberbrückbare Differenzen". In derselben Erklärung forderte Katie das Gericht auf, ihren Rechtsbeistand von ihrem Ex-Mann und die Zahlung von Kindergeld abzutreten. Das Paar unterzeichnete später eine Vereinbarung über die Bedingungen der Scheidung.
Die Erziehung einer Tochter wird als einer der Hauptgründe für die Scheidung von Katie Holmes und Tom Cruise genannt. Die Schauspielerin war nicht zufrieden, dass alle wichtigen Entscheidungen im Leben ihres gemeinsamen 6-jährigen Suri von Tom getroffen wurden. Ein liebevoller 49-jähriger Vater gab den Launen und Wünschen des Kindes in allem nach, während er vergaß, sich mit seiner Frau über die Erziehungsmethoden zu beraten.
Cathy gefiel die Tatsache nicht, dass das Baby absichtlich in Scientology eingeführt wurde, eine religiöse Lehre, von der Tom ein glühender Anhänger wurde. Darüber hinaus fanden die Boulevardblätter sogar heraus, dass Cruz fast die höchste Stufe in den Lehren von Ron Hubbard erreichte. Katie hat ihren Mann so oder so nie bei seinem Hobby unterstützt und am Vorabend der Hochzeit den Katholizismus nur aus Liebe zu ihrem Mann aufgegeben.
Aufgrund von Bedenken hinsichtlich der negativen Auswirkungen der religiösen Ansichten von Tom Cruise auf das Mädchen versuchte Holmes, das volle und alleinige Sorgerecht für ihre gemeinsame Tochter zu erlangen. Sie will auch alleine aufwachsen. Deshalb hat sie in New York die Scheidung eingereicht - in diesem Bundesstaat entscheiden die Gerichte meist für einen der Elternteile.
Nach einiger Zeit kam das Star-Paar jedoch zur Unterzeichnung gegenseitig zufriedenstellender Bedingungen. Das Mädchen bleibt bei ihrer Mutter, wird in New York leben, eine katholische Schule besuchen und der Vater hat das Recht, sich mit dem Kind zu treffen. Tom ist auch verpflichtet, erhebliche Ausgaben für seine Tochter zu decken, Kindergeld zu zahlen (die Höhe wurde nicht bekannt gegeben, aber zum Beispiel wird die gesamte Garderobe des Mädchens bereits auf 3 Millionen Dollar geschätzt).
Es wurde bekannt, dass Katie Holmes beabsichtigt, den Namen ihrer Tochter in naher Zukunft in Scout Holmes zu ändern. Sie gab an, dass sie den Namen Suri nie mochte und nennt ihre Tochter Scout, den Namen der Heldin ihres Lieblingsbuchs To Kill a Mockingbird. Sie wird dem Kind jedoch den Nachnamen Cruz hinterlassen, jedoch nur als Hinweis darauf, dass er ihr Vater ist.
Die übrigen Scheidungsbedingungen wurden im Ehevertrag klar geregelt, daher wird es keine gerichtliche Aufteilung des Vermögens geben. Laut einem von beiden vor der Eheschließung freiwillig unterschriebenen Rechtsdokument sollte Katie Holmes für jedes Ehejahr 3 Millionen US-Dollar und eine Villa in Kalifornien im Wert von 35 Millionen US-Dollar erhalten (wenn das Paar mehr als 11 Ehejahre bestanden hätte, könnte Katie die Hälfte des Eigentums beanspruchen). Gleichzeitig wird das allgemeine Vermögen der Ehegatten heute auf 275 Millionen US-Dollar geschätzt. Bei einer Hochzeit nach den Kanonen von Scientology legte Tom übrigens einen traditionellen Eid ab und versprach, Katie im Falle einer Scheidung nur mit "eine Bratpfanne, ein Kamm und eine Katze."
